对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛痈可以通过手术治疗，在局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。另外还可以对脓肿内给予消毒后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。
肛周脓肿如果初期还没有化脓，单纯的局部发炎可以及时用一段时间消炎药，控制病情，如果肛周脓肿已经化脓，就得采取手术切开引流，恢复期间保持局部清洁卫生。平时要注意局部清洁卫生，要保持大便顺畅，多吃富含膳食纤维素的水果和蔬菜。养成按时排便的习惯，不能吃辛辣，油腻，生冷等刺激性食物。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
对于肛周脓肿治疗上需要手术治疗，手术方式主要是切开引流，放置引流条，应用消炎药物控制炎症，定期消毒换药，保持局部清洁，应该去当地肛肠外科就诊治疗。手术分两步，时间较长但创伤小，愈合快，预后好。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。