肛瘘做完手术后只要合理护理，积极配合治疗大多数时候是不会复发的。另外术后的护理也要注意，尽量卧床休息，减少外出。不能吃辛辣刺激和油腻油炸的食物，要多吃清淡的食物。
肛瘘做完手术后是有可能会出现复发的，导致肛瘘复发的原因有很多，首先有可能是手术过程中内口或者肛门腺处理不当。另外术后换药不到位，导致创口过早粘合，形成假愈合也会导致肛瘘复发，另外平时不注意饮食，经常出现便秘也会导致肛瘘复发。
肛瘘是指肛管周围的肉芽肿性管道，大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤。由于生长较快，脓肿常假性愈合。医院肛肠外科就诊，有可能是假性愈合，一旦形成假性愈合，可能导致肛瘘症状更加严重。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。