一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
患肛瘘后，尽快进行外科治疗。肛瘘是肛门直肠区域的一种传染病。它通常由肛周脓肿、溃疡和脓液排出的慢性减少引起。肛瘘切除术或挂线疗法是常用的外科治疗方法。具体的手术方法由专业医生决定。如果不积极治疗，可能会从单纯性肛瘘发展为复杂性肛瘘，增加手术治疗的难度。
肛瘘是较常见的肛门病变，是由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成，目前没有特效治疗，只有手术才能治好，保守治疗无效，平时保持好局部卫生，养成按时排便的习惯，便后及时清洗，不吃辛辣食物，忌烟酒，多吃新鲜蔬菜和水果，多吃含纤维素高的食品，预防便秘，以免加重病情，限期手术治疗肛瘘。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。