肛瘘不做手术会有流脓和流水的现象，可能会发生反复的感染或者出现疼痛等局部症状。肛瘘是一种慢性炎症性疾病，如果长期得不到医治，在慢性炎症的不断刺激，会出现恶变倾向。
肛瘘不做手术很难自行愈合，保守治疗往往不能凑效。如果害怕做大的手术，可以给予挂线疗法。如果肛瘘长期得不到去根的治疗，慢性炎症的不断刺激，具有一定的恶变倾向。临床很多老年性肛门癌有肛瘘病史，常见有鳞癌和粘液腺癌，恶性程度均较高。
传统挂线疗法是用药制丝线、医用丝线、橡皮筋等材料，缠扎患病组织，利用“挂线”的紧箍力，阻滞气血、经络，使局部组织坏死，以剖开瘘管或窦道，治疗肛瘘及各种窦道的方法。切开挂线法是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。