肛瘘为肛门及直肠周围处瘘管的形成。典型的肛瘘有内口，外口及瘘道组成。对于肛瘘的检查，可以进行肛门指诊，肛门镜检等，也可以采取彩超，CT，核磁共振等检查，特别是对深部的肛瘘，当然还可以经过外口进行探针检查，寻找内口。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
肛肠疾病常规检查，肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出；探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置；染色检查：经瘘口注入美蓝，预置于肛门内的纱布染蓝，以确定内口的位置；瘘口碘油选影：了解瘘管的走向与范围。
肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出；探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置；染色检查：经瘘口注入美蓝，预置于肛门内的纱布染蓝，以确定内口的位置；瘘口碘油选影：了解瘘管的走向与范围；纤维结肠镜检：对因克隆病、溃疡性结肠炎所致的瘘管，有诊断意义；病理诊断：排除某些瘘或瘘管恶性变。
结肠x线检查。结肠x线检查，有腹部透视、腹部平片、口服钡剂和钡灌肠等方法，而以后者最为严重。腹部透视和拍平片，只能发现肠扭转、巨结肠、肠套叠等梗阻征象以及场外压迫使肠管受到推挤的表现，对于检查肠腔内的疾病并无益处。