不高。是沿着外口窦道而寻找到内口即感染源。内口位置多种多样，是位于齿状线相对应处，有时肛瘘处于急性期，内口不容易找到，术后有可能会出现复发。如果通过外口顺利找到内口，并且完整的切除内口、外口以及窦道组织，肛瘘手术复发的机率比较低。
在肛肠疾病中肛瘘的复发率相对比较高，大概在百分之二三十。而且主要是发生在高位复杂性肛瘘，因为其内口不太明确以及瘘管支管比较多，在手术过程中很难完全清除干净内口以及瘘管，进而导致后期复发率偏高，甚至可以达到百分之四五十。
肛瘘挂线是治疗肛瘘的一个比较传统和简单的办法，这种办法的原理是用异物刺激瘘道内的肉牙组织增生，它有一定的复发率。现在主要是基层医院在做这种手术。现在提倡连瘘道一起手术切除。所以，如果以后肛瘘复发，建议就到大点的医院去把瘘道一起切了。线自动脱落时间为10天~15天，创口愈合时间10天~26天。
如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。
只要能够诊疗好，都不容易复发。内口没有找准，感染病灶没有清除，容易导致复发。去正规的公立医院肛肠科就诊，一旦复发，需要重新手术。注意肛门的清洁干燥，注意清淡的饮食，不要吃辛辣刺激上火的。