一般手术的时间在二十分钟以内可以完成，术后的恢复时间快，切口的愈合时间短。高位肛瘘或者复杂性肛瘘，因为瘘管位置偏高，而且瘘管不止一根，走行相对复杂，在术中医生需要仔细探查瘘管，防止因为瘘管或者内口遗漏而导致术后的复发，时间相对长一点，有可能半个小时到一个小时不等。
一般手术的时间在二十分钟以内可以完成，术后的恢复时间快，切口的愈合时间短。高位肛瘘或者复杂性肛瘘，因为瘘管位置偏高，而且瘘管不止一根，走行相对复杂，在术中医生需要仔细探查瘘管，防止因为瘘管或者内口遗漏而导致术后的复发，时间相对长一点，有可能半个小时到一个小时不等。
肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素引起的治疗的时间和严重程度有关一般在一周到半个月左右的不等，术前需要准确定位瘘管的位置和内口的位置，才能为手术的成功提供最有力的保障。
肛瘘术后一般七天左右就可以出院，伤口完全愈合需要一个月左右，但是七天后就没有什么症状了，可以正常上班工作，不做重体力活就可以，出院后需要隔天去医院换药，肛瘘术后需要坚持每天肛门坐浴，定期换药。
根据瘘管和括约肌的关系，一般分为高位肛瘘，低位肛瘘，简单性肛瘘和复杂性肛瘘。一般低位简单性肛瘘，术后愈合时间相对快一些，大约三周左右。高位复杂性肛瘘手术需要采取挂线术，创面比较大，愈合相对缓慢，大约需要30-40天左右。
肛瘘挂线是比较常见的治疗高位肛瘘疾病的手术方法，是一种用丝线结扎瘘管壁，缓慢打开瘘管，从而在肛瘘疾病的治疗当中发挥一定的作用，还能够保持肛门的完整，对于肛门也能够起到一定的保护作用，不会影响到肛门的功能。肛瘘挂线掉落之后，伤口一般很快就会愈合了，只要患者做好换药和清洗的工作，一般是在两个礼拜左右就能够恢复。