直肠炎的治疗主要是三个方面，调整饮食生活，少渣饮食为主，荤素搭配。避免劳累熬夜吸烟酗酒。药物治疗主要是促进黏膜修复，缓解炎症改变，调理肠道紊乱为主。中医中药治疗目前较为常用的穴位埋线治疗。直肠炎一定要坚持治疗避免其迁延不愈引发结肠炎或是直肠溃疡等疾病影响生活质量。
直肠作为大便必经的最后通道，长期的炎症刺激，以及致病菌、大便中的致癌物等各方面的刺激，都可引起直肠炎转化为癌症的可能，从而诱发直肠癌。患了感染性直肠炎是可考虑保守治疗的。
很多时候直肠炎与人们不良饮食习惯造成的。直肠炎病人应忌食易产酸食物，如地瓜、土豆、过甜点心及糖醋食品等。禁食产气食物，如生葱、生蒜、生萝卜、蒜油、洋葱等。禁食生冷食物。
尽量做到少食多餐，不吃过冷、过烫、过硬、过辣、过粘的食物，更忌暴饮暴食，戒烟禁酒。注意劳逸结合，防止过度疲劳而殃及胃病的康复；加强适度的运动锻炼，提高机体抗病能力。吃补血、性温、细碎烂软的食物。多吃健脾养胃的食物。
直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。