肛瘘手术就是采用直肠纤维镜进入肛门，通过监护仪直接电凝内孔，闭合肛瘘内孔干结。然后冲洗瘘管内的脓液，止血缝合，整个手术就完成了，平时不吃生冷刺激性食物，多喝水，应该注意保持大便通畅。
高位肛瘘病人可以采取肛瘘切除手术。处理原发内口，剔除瘘管，清除坏死组织，制作有利于引流的创面就可以了。高位瘘管应该挂线，挂线又分为实线和虚线，这样才能达到根治的目的。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。