患有肛窦炎可以先保守治疗，严重时手术治疗。每天用生理盐水清洗肛门，温水坐浴，注意饮食，多喝水，多吃蔬菜水果，饭后适当的运动，保持大便通畅，防止便秘。忌烟忌酒作息规律保证充足的睡眠。
平常注意调理，在配合药物治疗的，一般是可以恢复的，坚持做提肛运动。建议还是少吃辛辣食物，戒烟戒酒，平常多喝水的，再配合喝点蜂蜜水，多吃香蕉。多吃富含维生素的蔬菜和水果，再配合用一比五千的溶液清洗肛门，热毛巾热敷。
单纯性肛窦炎可以药物治疗，如果效果不明显需要进行手术处理。采取侧卧位或截石位，进行常规消毒和局部麻醉，暴露患病的肛窦，沿探头切开肛窦，修剪伤口以保证引流通畅。术后每天进行中药坐浴，换药至病人康复。调整饮食，不吃辛辣生冷刺激性食物，不要坐在冰冷潮湿，注意个人卫生。
孩子患了肛窦炎，首先是要注意个人卫生，每次孩子大便后应该要用温热水，将肛门部位擦洗干净，并且外用消毒液消毒，需要的时候可以口服抗炎药物进行治疗。严重时要输液来治疗。
需要及时的进行药物或手术治疗的，肛窦炎属于炎症感染的情况，是由于细菌感染所造成的，需要使用抗生素治疗。可以到医院的肛肠科，协助检查，明确诊断，再对症治疗。平时注意饮食清淡。