肛瘘手术后一般复发可能性低，复杂性肛瘘术后复发可能性增高，注意饮食清淡规律避免便秘，忌辛辣刺激食物以及发物，注意肛门清洁卫生，术后应用消炎药物治疗避免感染，定期复查肛检。
会，肛瘘很难治疗，术后伤口敷料更换的好坏，是手术成功与否的一个关键问题。即使手术成功，若忽视了伤口的敷料更换，手术也常易失败。除此之外，在手术后的饮食习惯方面也要多加注意，正确科学的饮食方法对于肛瘘病患的恢复很有帮助。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘是需要去肛肠科检查的。肛周脓肿流脓拖成肛瘘，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。为了预防感染，应经常清洗、勤换内裤。增强体质。
如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。