肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘手术有复发的可能性，至于肛瘘手术术后复发率的高低，和具体病情有关。肛瘘按照病情轻重程度，大致分为两类：高位复杂肛瘘。这类肛瘘往往病情比较重，术中并发症比较多，术后创面比较大，术后恢复比较慢，术后复发率也比较高。低位单纯肛瘘。这类肛瘘术中并发症少，术后创面小，术后并发症也少，术后恢复时间比较短，复发率比较低。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘做完手术后是有可能会出现复发的，导致肛瘘复发的原因有很多，首先有可能是手术过程中内口或者肛门腺处理不当。另外术后换药不到位，导致创口过早粘合，形成假愈合也会导致肛瘘复发，另外平时不注意饮食，经常出现便秘也会导致肛瘘复发。
肛瘘手术后一般复发可能性低，复杂性肛瘘术后复发可能性增高，注意饮食清淡规律避免便秘，忌辛辣刺激食物以及发物，注意肛门清洁卫生，术后应用消炎药物治疗避免感染，定期复查肛检。