如果不算太严重时可以先保守治疗，每天要用清水清洗孩子的肛门，温水坐浴。也可以用热毛巾热敷腹部，顺时针按摩，平时多给孩子吃点蔬菜泥，水果泥。尽量保持大便通畅，防止便秘。严重时可以手术治疗。
肛裂的治疗方法目前比较流行的是HCPT技术。HCPT有效治疗肛裂，利用高频电容场产热原理，通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对肛管裂口进行微创电凝，使肛管裂口干结闭合。
肛裂的治疗一般都是采用肛裂修补术，肛裂病人保守治疗有百分之五十的把握。病人如果出现肛裂，大便会对肛门进行刺激，容易导致病情加重，引发肛门感染。病人也可以采取保守治疗，原则是软化大便，保持大便通畅，制止疼痛。
要吃新鲜蔬菜，水果等含植物纤维素丰富的食物，养成每天定时排便的习惯，每日早晨空腹时喝一杯凉开水睡前服药物，蜂蜜等促进排便，减少肛裂的发生。已发生肛裂者，一定要请专科医生治疗。目前没有一种特效的药物服后即愈，而肛裂和“痔疮”是绝然不同的两种疾病。因此用治疗“痔疮”的药物是不可能彻底治疗肛裂的。目前国内外公认的一种方法“侧切术”，方法简单，疗效可靠，无须住院，治疗是终生的。
中医治疗肛裂上，首先需要软化大便，改变饮食习惯，如多饮水，多食用蔬菜水果，避免食用辛辣刺激性的食物，不要久坐，还可采用一些中药坐浴、温水坐浴以及中药药膏外用配合栓剂治疗。