肛瘘手术后愈合时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的愈合周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。恢复过程中要重视术后伤口的护理，耐心接受伤口的护理、换药等后续治疗。
术后一周到两周能够恢复，而复杂性的肛瘘，蹄铁型的肛瘘，高位肛瘘的病人需要分次手术或者是选择挂线疗法，手术以后每两天到三天收紧挂线一次，恢复的时间就比较长，大概两周到三周。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
高位单纯肛瘘手术后要2个月才能恢复。要保持大便通畅，养成定时排便习惯。保持肛周清洁卫生，勤沐浴、勤换内裤，每日睡前或便后温水坐浴。适当参加体育锻炼，如散步、打太极拳等，避免久坐、久站。
正常的肛瘘术后恢复时间一般需要10天到2周左右。那么一般两周左右以后就可以正常的上班和生活。但是如果术前肛瘘检查为高位复杂性肛瘘，或肛瘘的瘘管有多条分支，可能术后的恢复时间需要20天到1个月左右。所以肛瘘手术后恢复时间主要是根据肛瘘术前的病情严重程度而定。
痔疮和肛瘘是比较常见的肛肠疾病，严重者可以采取手术的方法进行治疗，一般下手术后一周疼痛就会减轻，一个月左右就恢复正常了。手术后切口疤痕痉挛引起的疼痛。术后要注意伤口的换药处理以及伤口的护理，才能促进伤口的愈合，同时，还可以定期进行坐浴治疗，是每天两次，每次大于半个小时。