肛周脓肿多由肛腺感染引起，属于肛周急性化脓性感染疾病。任何炎症疾病的特点就是红、肿、热、痛和局部症状。肛周脓肿会出现肛周局部红肿症状，伴有强烈的疼痛感觉，而且疼痛呈持续性。
比较浅在肛周脓肿表现为局部红肿，疼痛，以及明显的波动感伴有身体的畏冷发热和局部的皮温升高。位置比较深的肛周脓肿则局部的症状并不明显，而全身的中毒症状较为突出，通常表现为寒战高热。同时，肛周脓肿可以刺激直肠引起腹泻，里急后重等症状。
有肛周皮下脓肿，属于最表浅的脓肿，分布在肛缘皮下，以后侧和两侧居多。有会阴筋膜下脓肿位于肛门前侧，主要是男性，会一直延伸到阴囊根部。还有管后间隙脓肿，位于肛门后侧，分深浅两层，浅层和肛周皮下间隙相通。
肛周脓肿初期症状主要是哭闹，接触肛门或排便时哭闹加重。随着脓肿形成，可以见到肛周红色肿块，起初肿块质硬，逐渐肿块中间变软破溃溢脓，形成肛瘘，这时患儿哭闹减少，破溃口会反复溢脓。婴儿肛周脓肿大多发生于腹泻患儿，形成脓肿时间较短，2-3天可以见到肿块。婴儿肛门护理十分重要，排便后及时清洁肛门，吸水性能好的湿巾湿布蘸净水分，不要反复擦拭，擦拭肛门不当，容易引起损伤。
高位肛周脓肿是指位于肛门外括约肌以上的肛周脓肿。高位肛周脓肿一般全身症状会比较重。在临床上常见的症状可能出现发热、头痛等症状。这主要是细菌感染后出现的全身毒素反应。对于高位肛周脓肿的手术治疗。直接进行切开，敞开脓腔时需要谨慎，可能会引起肛门失禁大多数高位肛周脓肿都是采用切开脓腔加挂线的治疗方法进行治疗的。
肛周脓肿术后形成肛瘘的症状有瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能完全治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能完全治好肛瘘。