中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
中医不太适合。肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。可以到正规大医院肛肠科好好咨询一下，如果病情轻，可以采用保守治疗。如果药物效果不好，或者病情继续加重，就需要做手术了，通过手术将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。
肛瘘属中医湿热下注型，是肛周脓肿的后遗症，肛隐窝呈漏斗状，易出现破溃感染，感染向下蔓延形成肛周脓肿，脓肿溃破后形成肛瘘，分为高位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘四种类型，瘘口位于直肠外括约肌深层以上称为高位肛瘘，中医采用挂线疗法，其特点是可避免完全切除瘘道而致的肛门升高，因瘘道切除后不易吻合，愈合过程中肌肉收缩会引起肛门升高。
有效的。主流的治疗方法还是西医的手术，比如挂线法等，这些手术可以将肛瘘部位炎症消除，对于治疗起到根本作用。但是，有些会表现为肛瘘术后不愈合或者出血严重等一系列症状，可以通过中医中药的方式煮水熏洗，可以使肛瘘尽快愈合，对于辅助治疗肛瘘有很大的益处。另外，肛瘘者平时尽量不要吃刺激性食物，像酒类、辣椒、大蒜等辛热之品都不能吃，多吃新鲜水果和蔬菜。
中医方法较简单，并发症也少，分为切开方法和挂线方法。对于低位肛瘘，采用切开的方法或切除的方法，挂线分为挂实线、挂浮线、挂虚线等。所谓挂线，是在内口和外口之间挂一个丝线或橡皮筋，起到缓慢切割的作用。