肛瘘术后可能发生尿潴留，要锻炼排尿功能。手术后要每天换药，按时拆线，保持伤口清洁，避免伤口周围积脓影响恢复，导致伤口感染，不能愈合。尽量每天清洗肛门，更换内裤。手术之后要少活动，多休息。
注意肛门部的清洁卫生，坚持便后坐浴。还要保持肛门周围清洁，术后创口应严格按照外科护理常规每天换药，否则创口感染、延期愈合。坚持肛门功能锻炼，提肛是一种既简便、又实用的肛门功能锻炼方法，具有预防和治疗肛门疾病的双重作用。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
一般采取侧卧方式进行卧床休息，减少对切口的压力及挤压造成出血。卧床休息时间取决于伤口的恢复程度。合理的膳食安排术后一般以清淡饮食为主在术后的一个月内尽量避免食用辛辣刺激之品，以免刺激切口造成炎症反应。也要注意确保事物的干净卫生，避免因是要不洁的食物而造成腹泻，从而导致切口感染。