如果囊肿相对比较小，并且定期复查期间囊肿比较稳定，没有明显的变化，也没有导致明显的骨质部位强度和韧性的减弱，这种一般是不需要行手术治疗的。而如果说病人的骨囊肿比较大，导致了明显的骨质破坏，骨质的韧性强度明显的减弱，并且在骶尾部为骨囊肿引起了神经的损伤压迫，而这种就必须行手术的治疗。
一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
骨囊肿手术一般需要在麻醉下做。
四肢长骨干骺端可能会形成骨囊肿，造成局部病变，前期可能会没有明显症状，但是后期可能会导致疼痛。此时患者一般需要及时进行手术治疗，需要在麻醉下进行手术，在骨囊肿附近的皮肤表面进行切口，随后将骨囊肿璧切开，刮除囊肿，再进行植骨，同时需要在局部进行内固定或外固定，以促进愈合。手术后患者需要适当休息，避免剧烈运动。
舌骨囊肿一般指甲状舌骨囊肿，而甲状舌骨囊肿手术当天可以吃饭，但只能吃流食。
甲状舌骨囊肿是一种先天性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，可能是甲状舌管退化不全导致的，临床上一般以手术切除进行治疗为主，如果是局部麻醉，术后两小时可以进食流食；如果是在全麻下进行手术，术后六小时可以进食流食，而手术三天后可以进食半流质饮食，术后十天可以普通饮食。
颌骨囊肿手术不好做。
颌骨囊肿90%以上都是需要进行手术的。手术的困难程度与下颌骨囊肿的部位及不同的大小有关。一般而言，颌骨囊肿很好处理，手术也很简单，但有些位置特别，很难处理。比如说，在上颌骨的中央或者是牙齿的根尖，因为是浅表的，所以很容易处理。在某些上颌升支和上颌牙的后部，由于手术复杂，位置较深，邻近重要的解剖结构，因此手术的难度和复杂性都很大。因此，手术难度和是否做好取决于位置和囊肿的大小。以上方案只是一个参考，具体药物的用法，需要在专业医师的指导下进行。