抗抑郁药在体内发挥作用主要是通过五羟色胺的作用，抑制单胺氧化酶，使五羟色胺，去甲肾上腺素，多巴胺等神经递质，氧化，脱氨，降解作用减少。使脑组织中含量增多，神经元突触前细胞突触间隙中含量增多，浓度升高。
抗抑郁药起效需要等待一段时间，一般是1-3周能够见到效果。在临床上，主要从症状出现频率有无减少和严重程度有无变化来评价有无改善。不管是频率少了，还是程度轻了，都认为药物开始起效。患者常常能够自己感觉到情绪较前改善，能够高兴起来，脑子反应也不再那么慢，也能够对事物提起兴趣，愿意与人交流沟通，身体疲乏的感觉也少了。
鉴别药物不良反应与抑郁症状非常重要，如疲劳及对碳水化合物的渴求等。鉴于大部分不良反应为一过性，当其出现时，观察性等待往往是合理的选择。换药之前，可以首先尝试降低药物剂量或调整服药时间。若效果欠佳，联用其他药物也可以考虑。
抗抑郁药副作用不是很大，但有的人在早期服药的第1-2周，可能会出现胃肠道的反应，如恶心、口干或者腹泻、厌食。如果调整剂量，经过半月后，这些症状可能会缓解。有的人还可能会加重头痛、失眠、焦虑的症状，所以要调整药物。
抗抑郁药治疗早泄的剂量应该比治疗抑郁症小。抗抑郁的药有镇静的作用，能够调节神经，但是早泄虽然是由于神经功能失调产生的，抗抑郁药不仅在大剂量使用时可以引起抽搐发作，有时治疗剂量也会引起抽搐发作。如果想要治疗早泄，可以口服一些专门的调节神经的药物和维生素类的药物。
抗抑郁药副作用可能会有口干、便秘、心动过速、视物模糊、震颤、体位性低血压、嗜睡、体重增加等。然后还有可能会出现焦虑、烦躁不安，食欲增加或降低、体重增加，多汗，关节疼，性功能障碍等。