如果是肺部支原体感染，大概需要10-14天如果是难治性的支原体感染可以延长到3周左右目前常用于支原体感染的是大环内酯类抗生素像阿奇霉素已成为治疗肺部支原体感染的首选用法是轻症3天一个疗程重症5天一个疗程，4天后再重复第二个疗程因为阿奇霉素进入组织较慢48小时后，血浆内浓度才可达最高峰，在组织中释放也比较缓慢平均消除半衰期为2～4天。
通常支原体衣原体的感染要用药1到2周，依照不同的药敏试验才能做出一个明确的判断。到专业的泌尿外科检查，分泌物做细菌培养加药敏试验，这样才能有针对性的用药，通常在1到2周是可以恢复正常的，这期间避免性生活接触。
支原体感染可见于上呼吸道感染及支气管炎、肺炎，如果不是反复高热不退，不是肺炎，可先口服药物治疗，如果是肺炎，最好输液治疗，因支原体肺炎发展比较快，不及时用药，病情控制不佳，会导致重症肺炎。
小孩支原体感染发烧，通常5天会退，如果儿童的支原体感染引起的症状轻微，只是出现轻微的咽痛、咳嗽、精神状态差等症状，此时家长可以给儿童及时的服用红霉素、大环内酯抗生素、罗红霉素等，通常发烧会在5天左右消退。如果感染比较重，孩子可能会出现支原体肺炎，在治疗上需要配合糖皮质激素的药物进行治疗，通常需要10天左右的时间才能退烧。
男性支原体感染需要通过使用药物来治疗。
支原体感染可能会导致男性出现小便疼痛，有少许分泌物的情况，还可能会有尿急、尿频、尿痛等症状。建议患者及时前往正规医院，在医生指导下使用米诺环素、多西环素、盐酸四环素、阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素等药物进行治疗。
