肛瘘不开刀治疗的方法主要是选择使用药物以及用药物进行肛门坐浴，比如使用消炎药以及中药等药物调理，促进肛瘘瘘管内的脓液排出，消除炎症，同时配合肛门洗剂或者复方苦参洗剂进行坐浴，可以清洁肛周皮肤，避免感染加重。再配合冷冻、激光、电疗的方法进行瘘管的根除，或者选择药物进行瘘管的填塞，闭合内口。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘是肛肠科的常见疾病的，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没还有保守疗法的，但是保守治疗一般只能减轻症状和减少发作。可以选择微创无痛手术的，痛苦小，一般不用住院的。调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。清洁肛门要勤换内裤。