咖啡因能防止胆固醇形成结晶，通过增加人体热量消耗的方式减少脂肪的储存。减少胆囊在胆结石形成之前对流体的吸收，增加流经胆囊的胆汁量。咖啡还可增强血液的抗氧化能力，并提供保护作用，以防止自由基对神经系统的破坏。
女人喝咖啡有减肥的作用和解酒的功能。一日三杯咖啡可预防胆结石。对于含咖啡因的咖啡，能刺激胆囊收缩，并减少胆汁内容易形成胆结石的胆固醇。每天喝两到三杯咖啡的男性，得胆结石的机率低于40%。
喝咖啡能提高记忆力，还可以强化大脑。长期饮酒的人，喝咖啡能降低肝硬化的风险，具有降低肝损伤的好处。咖啡中含有大量的抗氧化成分，能使血液循环加快，具有抗氧化作用，有利于人体的健康。
清晨起床后喝一杯为的是醒脑，白天工作时轻呷一口可提神，此时咖啡可稍浓。而餐后或晚间饮咖啡以略轻淡为宜。咖啡或茶都有提神醒脑的作用，但不适宜餐中伴饮，应在餐后饮用。在品咖啡前先喝一口白水，冲掉口中异味，再品才会感受到香醇。由于咖啡的利尿功能，多喝白水，提高排尿量促进肾功能。这样，既品味了咖啡的美味，又不必担心上火，真是一举两得。
喝咖啡可以刺激大脑的中枢神经，有助于提神醒脑，集中注意力，提高记忆力，使人集中注意力投入到工作学习中，可以预防老年痴呆症。喝咖啡可以增强情绪，缓解人体焦虑紧张的情绪，抵抗抑郁，增加幸福感。
高血压的病人不建议口服咖啡，咖啡里有大量的咖啡因，容易继发血压增高，增加患心脑血管病的风险。高血压需要遵医嘱口服些降压药，注意饮食要营养均衡，少喝兴奋性饮料，如咖啡、烟酒等。