鱼腥草有一定的消肿排脓、利尿的功效。对于一些火热淤积或者小便短赤有很好的辅助治疗作用，但是因为鱼腥草本身属于一种寒凉性质的药材，吃多之后很有可能会导致腹痛、腹泻，或者导致寒凝胃肠引发胃肠刺激症。所以少量食用，一旦出现不舒服的症状，立刻停止饮用鱼腥草水。
经常喝鱼腥草可能会致癌。鱼腥草内含有马兜铃内酰胺，马兜铃酸被世界卫生组织认定为致癌物。鱼腥草中含有的是马兜铃内酰胺-BII、马兜铃内酰胺-AII、马兜铃内酰胺-FII，目前没有证据证明这三种有致癌性，而且在鱼腥草中含量十分低。
鱼腥草性味苦寒，具有清热解毒、消肿排脓的作用，泡水喝一般是起清热解毒的作用，副作用是其性味苦寒，脾胃虚寒之人不宜服用，平人也不宜久服，苦寒之药容易败胃、容易伤阴。
金银花，鱼腥草的功效是清肺化热、止咳平喘、肺炎。金银花其功效主要是清热解毒，主治温病发热、热毒血痢、痈疽疔毒等，金银花含有绿原酸、木犀草素苷等药理活性成分，对溶血性链球菌、金黄葡萄球菌等多种致病菌及上呼吸道感染致病病毒等有较强的抑制力。
鱼腥草大量服用对于肾脏是有伤害的。鱼腥草含有一种成分叫做马兜铃酸，具有明显诱发肾脏衰竭的作用，导致肾功能急剧下降，甚至必须得透析才能够维持生命的状态。日常生活中少量应用鱼腥草，对于肾是没有损伤的。最好在医生指导下，在正常剂量范围内合理应用鱼腥草，对于肾脏的损伤基本是不存在的。
鱼腥草泡水喝的副作用有，虚寒症和阴性外疡者不宜食用，也不宜长期食用，会有损阳气，让体质变得虚弱，鱼腥草毒性很小，食用后有鱼腥臭味，对阴道粘膜有一定的刺激性，鱼腥草具有清热解毒、利尿除湿、清热止痢、健胃消食等症。