可以选择手术治疗，将病变切除，在局部麻醉下就可以进行。选择梭形的切口或者沿病变长轴的切口，仔细分离皮下组织和囊肿的周围，尽量避免碰破囊肿，因为有一部分病人可能合并有液化，会导致局部的污染，尽量将病变的完整切除。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
宫颈腺囊肿是妇科常见病，一般不需要特殊治疗，但是应注意清洁、定期检查、注意护垫的使用，必要时可能需要物理治疗或手术治疗。
1.注意清洁：保持外阴清洁，避免不洁性行为，防止感染。
2.定期检查：定期进行妇科检查，如发现宫颈腺囊肿有增大或伴有其他症状，应及时治疗。
3.注意护垫的使用：避免长期使用护垫，因为护垫可能导致局部温度升高，有利于细菌繁殖，加重病情。
4.物理治疗或手术治疗：对于较大的宫颈腺囊肿，可以考虑物理治疗或手术治疗。
眼底囊肿应该注意休息，保持心情愉悦，注意用眼，特别是手机，电脑，一定要控制，多看远处，绿色的植物。多运动，比如跑步，多吃降火的食物，比如绿豆汤，去正规医院的眼科检查一下。
腘窝囊肿病治疗的最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除，术后很少会复发。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。