副作用主要是对于银杏叶过敏可能会出现皮疹、皮肤瘙痒等症状。银杏叶提取物从药理作用讲可以抑制血小板聚集，因此可能会出现伤口流血不容易止血、牙龈出血、黑便等。
有区别，前者是处方药，需要循医嘱服用，后者主要成分是银杏提取物，具有活血化瘀以及通络的功效，主要用于治疗瘀血阻滞所导致的胸痹心痛，或者是中风、半身不遂以及冠心病稳定型疾病。
两种药物的药效是一样的，只是生长厂家不同而已。两种药物的主要成分都是硫酸氢氯吡格雷片，都是抑制血小板聚集作用，适用预防血栓形成或心脑血管意外的预防用药。
银杏叶滴丸主要的作用是活血化瘀的作用的，对于有血瘀的情况有高血压有一定的治疗的作用的。对于轻微的高血压，需要一到两周时间，血压改善，或者更长时间。但具体服用多长时间可以达到有效的降压作用，是有个体的差异的，并不是所有高血压都可以很快的降下来的，需要长时间用的。
银杏叶滴丸的确是有降血压的作用的，银杏叶滴丸具有较强的活血化瘀、通络的功效，可以有效清理血液中的自由基，增强红细胞的变形能，降低血液粘度，提高血液的流通量，还可以通过扩张动脉血管，全面改善血流量，从而达到有效降压的目的。
银杏酮酯滴丸主要用于动脉硬化引起的冠心病心绞痛，脑供血不足，能改善心肌缺血程度、缩小心肌缺血范围，同时具有一定的抑制血小板聚集的作用。银杏叶滴丸是一种治疗心脑血管疾病的中成药。它的具有活血、化瘀、通络的作用。可以缓解和改善因冠状动脉供血不足所引起的胸闷、胸痛、心悸、气短、喘憋等症状，也可以用于改善脑组织供血不足引起的偏瘫、言语不清、口眼歪斜等症状。