苦瓜中含有草酸，长期食用，会导致钙的缺乏，应尽量熟吃苦瓜，食用前，应尽量去除草酸，用开水焯烫或者用沸水浸泡一下，苦瓜性凉，不适合肠蠕动快、大便溏稀、手脚冰冷、面色惨白等脾胃虚弱、阳气不足的人食用。
苦瓜干泡水喝对身心均有益，苦瓜干泡水喝有降血糖血脂血压的功效的作用，还能增进食欲促进消化作用，对于胃肠疾病、便秘等有不错的效果，苦瓜中含有十分丰富的维生素C，具有清热解毒、防治青春痘的效果。
苦瓜籽粉可以清热降火、利水渗湿，对于咽喉肿痛、口舌生疮、大便干燥的现象有很好的调节作用，可以治疗便秘现象。苦瓜籽粉中的维生素B族比较丰富，对于失眠多梦有调节作用，而且其中的清脂素可以降低血压、降低血脂，里面含有的维生素A也比较多，对于眼干眼涩有一定的调节作用。本身有腹泻的患者不建议吃这种苦瓜籽粉。
有清热益气的功效，可以帮助人体补肾健脾，明目等等，对于中暑以及结膜炎等等病症都有一些功效。还有就是具有预防坏血病、提高机体应激能力、保护细胞膜、防止动脉粥样硬化、保护心脏等作用。
苦瓜汁具有清热，养血益气，补肾健脾，滋肝明目的功效，对治疗痢疾，疮肿，中暑发热，痱子过多，结膜炎等病有一定的作用，低血压低血糖的人不宜饮用苦瓜汁，苦瓜中的草酸会妨碍食物中的钙吸收。因此，在需要补充大量钙的人不宜饮用苦瓜汁。
清热解毒，补肝益肾的功效。苦瓜泡酒具有清火作用，可用于治疗上火，适当饮用苦瓜泡酒，有利于促进肝脏细胞再生能力，还可滋补肾脏，用于治疗因肝肾不足导致的腰膝酸软、精神不振、阳痿、早泄、遗精、性功能减退等症状。