肝癌是高甲胎蛋白的常见原因之一。孕妇和新生儿甲胎蛋白，慢性肝炎，重症肝炎恢复，肝硬化，先天性胆管闭塞，畸形胎儿也有暂时性增加甲胎蛋白可能升高，但幅度小，时间短，生殖细胞肿瘤是相关的。甲胎蛋白是肿瘤标志物。通常由卵黄囊和胚胎肝脏产生，出生一年后维持在低水平，肝病增加，肝细胞癌和畸胎瘤明显增加，已被用作原发性肝癌临床诊断的常规指标之一。
甲胎蛋白偏高是肝炎引起的，长期会导致肝癌。
甲胎蛋白是临床上诊断原发性肝癌的一项特异性指标。甲胎蛋白偏高并不都意味着癌症的出现。临床上比较常见的导致甲胎蛋白升高的因素包括：急慢性肝炎、肝炎肝硬化、胚胎瘤、消化道癌症术后，都会引起甲胎蛋白的升高。甲胎蛋白是一种糖蛋白，主要存在于胚胎时期的肝细胞内，胎儿出生2周后，甲胎蛋白会从血液中消失，因此正常人血液中甲胎蛋白的含量500μg/L，持续4周以上，或甲胎蛋白200-500μg/L，持续8周以上。排除其他可能会诱发甲胎蛋白升高的因素后，可以得出是否是原发性肝癌的出现。
建议去肝胆科做检查，根据检查结果来查看是什么原因引起的甲胎蛋白偏高，再进行治疗。日常生活中应该注意多运动，提高身体的免疫力和抵抗力。
一般来说，怀孕后单纯的甲胎蛋白偏高属于正常现象，因为怀孕以后胎儿能够合成甲胎蛋白，进入孕妇体内，会导致测量的甲胎蛋白数值偏高，一般不超过400ug/L。一般分娩以后就会慢慢的恢复正常。
需要注意的是如果孕妇甲胎蛋白数值过高，有可能是异常情况，如甲胎蛋白升高可能与胎儿开放性的神经管畸形相关。其他如孕妇肝脏异常，甲胎蛋白也会病理性增高。建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
有一些良性的病变可以出现甲胎蛋白的升高，可能身体里会出现肿瘤。甲胎蛋白在成年人中主要适用于肝癌的筛查或者是肝癌的辅助诊断，甲胎蛋白偏高大部分是发生在肝癌的病人。
甲胎蛋白偏低提示胎儿有唐氏综合征的可能。
准妈妈甲胎蛋白偏低，低于正常水平的甲胎蛋白可能有唐氏综合征的危险。但一般来说，AFP需同时结合其它检查——绒毛膜促性腺激素（hCG）及妊娠相关血浆蛋白A（PAPP-A）对筛查唐氏综合征才有意义。甲胎蛋白偏低提示胎儿有唐氏综合症的可能，这时候应该等19周的时候去复查一次，如果甲胎蛋白的值上升，说明宝宝正在发育，只需要定期体检就行了，不必太过担心，但是如果甲胎蛋白在下一次复查时没有增加反而降低，那就要做羊水穿刺了，以排除胎儿异常。
建议:规律的生活，均衡补充营养，定期再复查一次，了解甲胎蛋白变化情况。如果检查结果还是甲胎蛋白偏低，应注意结合其它检查综合分析，以便采取针对性治疗措施。
一般来说，如果孕妇患有急慢性肝炎，或者肝硬化，甚至胎儿神经管缺陷，或者胎儿脊柱裂等缺陷，都会造成孕妇甲胎蛋白偏高。建议及时治疗。
甲胎蛋白是新生的幼稚肝细胞分泌的，而胎儿肝细胞还没有发育完全，所以会分泌大量的甲胎蛋白。如果女性在怀孕期间甲胎蛋白水平较高，但不超过400ug/L，通常被认为是正常的生理表现。