一般情况下，肛门长肉球、疼可能是肛周脓肿、血栓性外痔等原因引起的。具体分析如下：
1.肛周脓肿：如果患者肛门受到细菌感染，容易引起炎症，受到炎症刺激，可能会形成脓肿，导致肛周脓肿，从而引起肛门长肉球、疼。
2.血栓性外痔：如果患者长期便秘，可能会使粪便不易排空，容易对直肠下段和肛管部位产生比较大压力，可能会发生曲张，导致血栓性外痔，使肛门长出暗紫色的卵圆形肿物，从而引起肛门长肉球、疼。
一般情况下，肛门周围出现肿痛性包块，多考虑以下疾病：
第1点，环状痔，由于括约肌痉挛，常造成内痔回纳受阻，局部静脉血液淤滞，组织水肿，形成明显突出的肉球，伴剧烈疼痛，患者常难以忍受，需要进行手术治疗。
第2点，临床中还会碰到肛周出现包块，可能合并有肛瘘引发的肛周脓肿等，有些病人还会出现很少见的疾病，比如肛周的毛囊炎，肛周的疖肿等。
只有在医生的合理规范的诊疗下，才能够进一步的明确诊断，达到治疗的目的。
肛门疼痛通常是指肛门及直肠周围以疼痛为主的一种症状，发现肛门处坠痛多考虑肛窦炎一般为肛门部微痛、坠胀，排便时因粪便压迫发炎的肛窦而致肛门部灼痛，若括约肌因受刺激而挛缩，疼痛则加剧，并向臀部及股后部放射。还有外痔，多以坠胀、灼痛为主，表现为肛门边缘局限性肿块，质硬、光滑、晶亮、触痛明显。多由于劳累，大便时努挣或手术刺激等造成。
肛门里面疼痛最多见是由于肛周间隙感染或者括约肌痉挛原因导致的疼痛。肛周间隙感染是由于大便次数增多或者肛腺隐窝感染原因导致的，一般临床上表现为肛门胀痛，局部表皮体温增高，血常规提示血象升高，B超可以明确诊断。
有可能是因为痔疮所导致的，医学所指痔疮包括内痔、外痔、混合痔，是肛门直肠底部及肛门粘膜的静脉丛发生曲张，而形成的一个或多个柔软的静脉团。但是也不排除是尖锐湿疣。