小三阳可以通过抗病毒治疗，最大限度的长期抑制病毒复制，对部分适合患者尽可能追求临床治愈，也就是转阴。应用干扰素a，干扰素主要通过诱导宿主产生细胞因子起作用，在多个环节抑制病毒复制，达到抗病毒作用。
只有很少一部分人感染了乙肝小三阳后通过治疗可以转阴的，绝大多数病人都是不可以转阴的，只能服用抗病毒药物进行抗病毒治疗，维持乙肝小三阳现状，不让疾病更加严重。但是现在医疗技术发展很快，不久的将来很可能会实现让乙肝小三阳转阴的技术。
小三阳是不容易转阴的，不是打几针就能使其转阴的。无论是“大三阳”还是“小三阳”，如果肝功能正常，又没有明显的现象，都称为乙肝这种肝病病毒携带者，这种不用治疗，半年或一年查一下肝功、B超。平时注意饮食少饮酒、保持良好心态。平时一定要注意不要过于劳累，禁酒，不要吃肝损害的药物。多喝水多吃蔬菜水果。
乙肝小三阳转阴分为治疗转阴和自然转阴。治疗过程中应评估病人的病情。如果肝功正常，病毒复制能力低，不要用药，随着机体抵抗力的增加和年龄的增长，小大部分病人可自己转阴。若处于乙型肝炎的活跃时期，需要积极治疗，主要是相关药物治疗，抗病毒、护肝保肝，在日常生活中，要注意休息，加强营养的摄入，多运动，增强自身抵抗力。
肝病小三阳可以让病毒转归阴性，肝脏功能也会回归到正常状态。
经过有效的抗菌药物，可以将体内的病毒彻底排出，使肝脏的功能达到了最佳状态。在这个情况下，一部分的小三阳可以实现表面抗体的转阴，即达到了临床上的治愈，但还是有一些病人能够得到很好的治疗。乙肝小三阳要及时的进行规范的治疗，避免出现慢性肝炎，避免出现终末性肝病。在进行药物治疗的同时，要做到饮食均衡，并要定时进行检查。