这要依据个人对疼痛的敏感性，大部分女同志做膀胱镜检查时，并不会感觉疼痛，但也有少部分女性对疼痛很敏感，会感觉很痛苦。因膀胱镜属于有创性检查，男性尿道细长，有生理弯曲，有先天狭窄，所以在做膀胱镜时会很痛苦，但因女性尿道的解剖特点，尿道短直而且相对较粗，所以在做膀胱镜时并不会造成很大的损伤，也不会引起很重疼痛。
膀胱镜检查属于一种有创检查，它对膀胱的黏膜、尿道的黏膜都不可避免地会有挫伤。所以，检查的时候疼痛、酸胀不适是会有的。特别是男性病人，由于尿道比较长，因此不适感会比较明显，女性患者会适当的减轻一些。
肛门镜是一个长约7厘米的内窥镜，可以通过直接观察到肛门直肠的病变。肛门镜的粗细大小不一，专家可以根据病患的年龄和肛门的松紧程度来选择肛门镜。因为要撑开括约肌，检查的时候多多少少会有点不舒服，轻微疼痛。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。