在肛周脓肿的早期还没有形成的时候，可以使用抗生素治疗，可以使用有效的药物涂抹。物理疗法可以进行温水坐浴，促进局部血液循环，平时要预防便秘，减轻排便时候的疼痛。如果脓肿一旦形成，就要及时进行切开引流，临床上很多脓肿切开之后容易形成肛瘘，有些常常选用挂线疗法。
脓肿一旦确诊，多需手术切开引流。如感染未形成脓肿时，可采用非手术治疗：应用抗菌药物，根据病情选用1～2种抗生素或中药方剂口服以清热解毒，排脓止痛；中药熏洗、坐浴；以减轻病人排便时疼痛等。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿初期症状有哪些：主要是疼痛，最初为胀痛、化脓时跳痛、排便时疼痛加重，脓肿在肛门前方可发生尿潴留，脓肿在肛门后方出现尾骶部疼痛。全身中毒症状轻，局部肿胀，发红、压痛、有波动感。
主要是疼痛，最初的疼痛，化脓时跳痛，排便时疼痛加重，脓肿，在肛门前方可发生尿潴留，脓肿肛门后方出现在尾部疼痛，全身中毒症状轻，局部肿胀，红肿，压痛，有波运动。局部见肛门一侧，发红，肿胀，压痛，燃烧，痛苦的疼痛，活动和排便时疼痛加重，有排尿困难。