肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘是肛肠疾病的一种，这种疾病情况是不一样的，治疗也是要根据情况选择治疗方法的，不管用什么样的方法，目的就是出去肛瘘的病症目前，肛瘘的治疗方法是手术治疗，它可以把整个瘘管打开，以防复发。肛瘘手术分类有瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等。
肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。
到当地正规的医院检查治疗，在进行肛瘘手术以后要住院观察半个月左右的时间，住院期间每天大便以后使用温热水冲洗肛门以后再进行换药的处理，有利于伤口的恢复。另外，大便以后要注意清洗肛门部位，保持局部的清洁，而且每天都要进行换药。
检查肛瘘可以进行指诊，肛门指诊时可以在肛内齿线处触及到硬节或凹陷，或按压瘘管时有脓液流出。术前只有准确定位瘘管的位置，内口的位置，才能为手术的成功提供最有力的保障。内口的定位一般有两种方法，直接找和顺瘘管找。