肛瘘应及时的进行手术治疗。手术方法有很多种，对于不同位置以及不同性质的肛瘘，应该采取不同的手术方式，对于低位肛瘘可以采取切开术，对于高位单纯性肛瘘可采取切开挂线术，而对于高位复杂性的肛瘘则需采用截径术。
肛瘘是一种感染性疾病，表现为肛门周围疼痛，到正规医院肛肠外科就诊，手术进行治疗，平时注意休息，避免熬夜，避免劳累，不要吃辛辣刺激性过大的食物，不要喝酒，少吃油炸烧烤类食物。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。