针对病因进行治疗，有与肛瘘、痔疮等其他疾病引起的直肠炎，要及时对相关疾病进行治疗，及时去除诱因。对于血吸虫感染引起的直肠炎进行去除血吸虫治疗。对症治疗，直肠炎会引发一系列的肠胃症状，对于腹泻病人，可以使用止泻药进行止泻治疗。对于直肠过于疼痛病人进行止痛治疗，注射止痛药物等，同时还可以进行中医中药治疗，以达到最大的治疗效果。
有排便异常，有便秘、腹泻或便秘腹泻交替出现，血便、粘液便或脓血粘液便，有粘液或粘液血便腹痛，可有轻至中度下腹隐痛。清除异物和注入药液，用手指将异物通过腹壁捏碎并向后移送，或者借助钳子，通过肛门弄碎并取出。
直肠炎可以口服抗生素来治疗。所以治疗直肠炎之前，还是要先查清楚病因再进行对症治疗，效果会比较好，一般采用药物治疗。平时不要吃辣椒，花椒等刺激性的食物，清淡饮食为主，多吃蔬菜水果。
首要先做肠镜，明确下具体的病因才能清楚，对症下药。平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而致肠道功能紊乱。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
导致直肠炎的原因有很多，每个人的情况不同，建议及时到医院检查治疗，切记不要讳疾忌医，以免影响正常生活，不要擅自用药治疗，在医生的指导下用药进行治疗，平时注意应进食柔软、易消化、富有营养和足够热量的食物；宜少量多餐，补充多种维生素，勿食生、冷、油腻及多纤维素的食物；注意食品卫生，避免肠道感染诱发或加重本病。