肛周脓肿在中医上叫做肛痈。首先可以采用内治法，根据它发病条件不同，分为三个证型，如果是火毒蕴结型，可以清热解毒，使用仙方活命饮和黄连解毒汤加减。如果是热毒炽盛型，治疗上应该清热解毒透脓，可以使用透脓散加减。如果是阴虚毒恋型，治疗上应该养阴清热解毒，使用青蒿鳖甲汤合加减。
中医治疗不好，还是需要西医治疗。发生肛中脓肿，需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。越早期手术治疗越好。
肛周脓肿是与局部摩擦损伤或卫生不好，细菌感染等引起的，中医治疗需要扩创引流配合药物治疗，注意患处卫生，避免挤压，尽快去医院扩充引流，引流后按时换药，预防肛瘘形成。不要久站久坐，要多做一些有益的运动，特别是提肛运动。
肛周囊肿便前便后坐浴熏蒸，平时要注意局部的卫生，每天早上起来的时候喝一杯温盐水或凉白开水，这样可以使食物更快地消化掉。不要长时间坐着，多做一些运动。每天都要大便，但是时间要短。勤换内裤。
旦发生肛中脓肿，也需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。
肛周脓肿的中医辩证治疗分为内治法和外治法两种，想要治疗肛周脓肿就要从脓肿处着手，中医在治疗肛周脓肿上有独特的方法，就是在肛周脓肿形成后就可以进行一次性治好手术治疗，手术后采用中药熏洗，坐浴，伤口局部清洁换药，局部理疗等治疗方法，效果很不错。