肛瘘主张手术处理。只要手术时不要损伤到肛门外括约肌的深浅部及内括约肌的齿线上方不会留有肛门失禁的后遗症。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等。
肛瘘的病人在早期会出现肛门脓肿、疼痛、肿硬结、瘙痒多种等症状，脓液会经常刺激瘘口周围的皮肤，导致肛门皮肤出现瘙痒、湿疹等现象。并且还会出现排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。到医院进行修补手术，达到治疗的目的。
肛瘘的典型症状会有肿痛，肿胀，破溃流脓，指诊可触及到一个条索状的组织通向肛内，一般肛瘘的发生都有脓肿的病史，脓肿破溃之后形成的肛瘘，形成肛瘘的时间也要在两到三个月左右，也有可能是肛裂刺激所导致的皮下瘘，肛瘘的部位以及位置也会导成局部的疼痛或者是狭窄，从而引起便秘的出现。
肛瘘癌变症状一般在脸、手等部位常见的瘊子有扁平疣和寻常疣之分。它们都是由乳头瘤病毒感染引起的皮肤病。皮肤擦伤或搔抓是引起瘊子发展增多的重要因素。以“疣状表皮发育不良”癌变率最高，“尖锐湿疣”次之，“扁平疣”癌变率排第三。症状就是大量增加奇痒无比所有增加免疫力的方法都有助于扁平疣的消退。
主要症状可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛瘘是肛门外皮肤与肛管或直肠相通的感染性管道，包括外口、内口及之间的瘘管。
肛瘘最早期症状：流脓是肛瘘的主要症状之一，早期的时候会发现在肛门口有一个硬结，用手可以摸到，按压的时候会有少量的脓液流出。脓液流出的越多就表明病情越严重，脓液流出会弄脏内裤。由于肛瘘的瘘管被堵住流通不顺畅就会发生局部的肿胀，引起痛感，偶尔还会伴有全身发热的体征。其他并发症：肛瘘还伴有排便不畅、瘙痒等并发症。