肛瘘时间久了肛门周围分泌脓水，脓水污染内裤，易引起皮炎湿疹，肛瘘形成后在肛门周围形成肿块，长时间引起疼痛，由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘。
如果长期不治疗，危害很多，第容易引起一些分泌物；肛门周围会分泌一些东西，比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污裤，就是内裤污染；另外可以引起皮炎湿疹。第肛瘘形成之后，可以在肛门周围形成一个肿块，肿块实际上就是肛瘘的瘘管，肿块时间长之后可以引起病人的疼痛。
肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
肛瘘是由于肛周围脓肿而导致，因此只要不形成肛周围脓肿就不会有肛瘘的形成。要特别注意的是，一旦发现肛周围有发炎迹象，就应及时是用抗生素，或者进行抗炎的治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多．手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发。
可能会。肛瘘是有可能发生癌变的，肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变是0.1%的概率，所以患者们大可不必过分紧张。