高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。
低位单纯性肛瘘是只有一个瘘管，在外括约肌深部以下，内口在肛窦附近，而低位复杂性的肛瘘，瘘管在外括约肌深部以下有两个以上的外口或者有两条管道，内口在肛窦附近，高位单纯性的肛瘘只有一个瘘管，在外括约肌深部以上，内口在肛窦附近，高位复杂性肛瘘有两个以上外口及管道，以及或者有分支的一个窦道，管道式肯定是在外括约肌深部以上的，有一个或者是两个瘘口。
低位单纯性肛瘘是只有一个瘘管，在外括约肌深部以下，内口在肛窦附近，而低位复杂性的肛瘘，瘘管在外括约肌深部以下有两个以上的外口或者有两条管道，内口在肛窦附近，高位单纯性的肛瘘只有一个瘘管，在外括约肌深部以上，内口在肛窦附近，高位复杂性肛瘘有两个以上外口及管道，以及或者有分支的一个窦道，管道式肯定是在外括约肌深部以上的，有一个或者是两个瘘口。
低位单纯性肛瘘是只有一个瘘管，在外括约肌深部以下，内口在肛窦附近，而低位复杂性的肛瘘，瘘管在外括约肌深部以下有两个以上的外口或者有两条管道，内口在肛窦附近，高位单纯性的肛瘘只有一个瘘管，在外括约肌深部以上，内口在肛窦附近，高位复杂性肛瘘有两个以上外口及管道，以及或者有分支的一个窦道，管道式肯定是在外括约肌深部以上的，有一个或者是两个瘘口。
肛瘘通过位置的不同，可分为高位肛瘘和低位肛瘘。根据罗马分级的定义，高位肛瘘是属于肛门内括约肌以上的肛瘘，而低位肛瘘是属于肛门内括约肌以下的肛瘘。高位肛瘘一般比较复杂，通常可能有2-3个甚至更多的外口。低位肛瘘通常只有1个外口。在治疗上高位肛瘘治疗比较麻烦，通常需要采用肛瘘挂线术，同时可能还需要切除部分的肛门括约肌。低位肛瘘通常只需要行肛瘘剔除术。高位肛瘘通常比较容易复发而低位肛瘘复发率则比较低。
高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。