肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛痿手术后复发也会出现流脓的状况，身上会因为流脓而出现味臭、颜色是黄色的而且浓厚的分泌物，如果是出现，那么就要注意了，因为是肛痿复发的可能性就非常大了。需要及时治疗。
在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。
肛瘘复发的症状有，由于黏膜处病菌侵袭导致了感染化脓从而引发了红肿出现，然后再者就是出现了明显的流脓症状，紧接着身上出现臭味、色黄而浓厚的分泌物。或者如果刀口有一处总是不愈合，就是应该是复发了。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。