肛瘘用中药治疗效果并不是很好。会使从外口反复流出脓液，导致污染内裤，有时还经常伴有瘙痒感。如果感冒反复发作，会导致肛门失禁，长期得不到有效治疗还会导致恶性病变，应该及时手术治疗术后，平时一定要保持肛门清洁干燥，勤换洗内裤，避免辛辣饮食。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘可以治好，对于肛瘘治疗的原则就是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察。对于肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，所以及早采取手术的治疗方法，彻底解决。
如果不是很复杂的肛瘘，通过手术就可以恢复。另外外用消肿止痛的中草药进行日坐浴。局部涂抹抗生素软膏。如果急性期可以口服抗生素，对症处理，不要超过一个星期。如果比较复杂，内口不确切的肛瘘有可能会复发，要清淡饮食，不要过多食用辛辣油腻上火的食物，注意局部的卫生。
肛瘘是可以治疗的，肛瘘的治疗是要进行手术的，保守治疗不能治疗好的，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。