具体的时间要根据个人的体质情况来定，因为每个人的体质不同，对药物的吸收程度不同，所以说时间也会有所差异，术后一定要多喝水，尽量别多吃水果蔬菜保持大便通畅。保持充足的休息时间。
肛瘘一般挂线疗法比较好，但是时间较长，一般于7-10天开始掉线，复杂高位肛瘘可能需要时间更长点一般是2-3周左右。术后需要注意：1、应卧床休息或减少活动，避免局部过度摩擦。2、注意肛门局部卫生：每日睡前便后用温水清洗肛门，勤换内裤。3、忌油腻荤腥食物，少食多餐，减轻肠胃负担。4、平素有嗜烟、嗜酒、嗜茶习惯时，应努力纠正。5、不要坐卧湿地，也不要在草地。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘手术跟肛周脓肿手术有点类似，术后恢复周期要根据感染的范围、大小、深浅而定。有些简单的肛瘘，比如皮下瘘、低位单纯性肛瘘，距离肛门不远，一般2周左右，能够好。有些相对较复杂的，比如括约肌间、括约肌上肛瘘，包括多间隙感染，甚至骨盆直肠间隙感染的肛瘘，治疗时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的治疗周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。
治疗肛瘘时间实际可以可长可短。恢复期一个月左右就好了。治疗以手术为主，药物为辅。目前保守疗法，如饮用中药、外洗、外熏、切开术等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能医治肛瘘或使瘘管闭合，只有采用手术疗法，才能治好。
肛瘘的分类有好多种，位置在肛提肌以上的，属于高位肛瘘，存在两条以上肛瘘时属于复杂肛瘘。高位复杂肛瘘的手术需要挂线手术或是分次手术，术后排便时和换药会产生疼痛，痊愈时间都需要2个月以上才能康复。