可以采取骶会阴肛门成形术：又称骶会阴直肠成形术，在会阴部肛隐窝处做十字形切口。逐层缝合骶部伤口。黏膜皮肤相互缝合形成新的肛门。或是会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。
可采用尾路肛门成形术：在会阴部做纵型切口，将游离直肠固定。或是腹会阴肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形术等。确诊后应及早行手术治疗，根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式。
先天性肛闭锁，是新生儿一种先天性发育性疾病，这种疾病可以采取手术治疗，只要通过手术治疗，就可以彻底解决，并不是很难解决的疾病。到正规医院进行检查，然后再做进一步的治疗。
治疗肛门闭锁最首选的方法仍然是手术治疗。在治疗疾病之前要做全面的检查，观察是否有别的方面都不适情况。肛门闭锁是一种常见的消化道疾病，主要好发于出生的婴幼儿。一旦确诊为肛门闭锁要及时诊断。
先天性肛门闭锁是先天性消化道畸形的一种，也是最常见的一种畸形。在孩子出生后没有粪便排出，出现腹胀哭闹的情况，此时观察可以发现正常的肛门处没有肛门，对于无肛门的情况一经发现后也没有别的治疗方法，就是尽早的进行手术了。
目前肛门闭锁治疗的方法有很多种，肠造瘘，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位锁肛术：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。