肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘是在肛门周围出现一个漏口，而且里面出现有脓的情况，也就是说这段时间疼痛比较严重，而且，内裤上会有出现脓的分泌物，检查一下肛门周围会有出现漏眼的地方，这就是肛瘘的症状，肛瘘多数都是因为痔疮，有肛周脓肿，没有得到及时的治疗，严重引起的。只能通过手术，没有其他的方法。
肛瘘的症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
常见症状是肛周反复流脓流液，可伴有肛周疼痛，及肛周瘙痒。全身症状少见，如迁延不愈，可伴有肛门狭窄、排便困难，贫血，精神萎靡等症状。如伴有继发性感染，可有发热等全身症状。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。