肛瘘做手术要注意对全身的情况进行评估，如果有凝血方面的问题，或是有糖尿病，血压高都得需要先调理正常，才能进行手术治疗，以免发生其他的异常的情况。术后注意休息，避免久坐久站。
约2-3周左右。可采用切开加挂线疗法，是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用。
便前和便后都要用温开水进行坐浴，以减轻疼痛，保持肛门周围的清洁干燥，肛瘘术后需要及时的清洗创面，清理污染物，避免造成创面的感染，缝合的创面每次便后均需要进行清洗、消毒和换药，出院后需要做门诊随访，一般半个月内要定期复查，定期做检查。坚持肛门功能的锻炼，做提肛运动。
传统挂线疗法是用药制丝线、医用丝线、橡皮筋等材料，缠扎患病组织，利用“挂线”的紧箍力，阻滞气血、经络，使局部组织坏死，以剖开瘘管或窦道，治疗肛瘘及各种窦道的方法。切开挂线法是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。