首先需要进行腹部彩超或者电子肠镜的检查，如果单纯是进行肛门指诊或者直肠镜检查，直肠和乙状结肠连接的地方是检查不到的。做一个电子肠镜检查，排除一下整个肠道的问题，这样更放心。明确疼痛的原因才能对症治疗。
目前结肠和直肠镜检查之前的肠道准备方法主要是口服泻药。常用的泻药有复方聚乙二醇电解质散、甘露醇、硫酸镁等。口服这些泻药时均需要服用1000-1500ml水或者氯化钠，一般在2-3小时内服用完毕。
可以检查全部结肠的炎症，而直肠镜是检查直肠炎的比较短，一般10-30公分；现在一般直肠镜很少应用，因为应用结肠镜可以把全部结肠炎、直肠炎一次都可以检查，比较全面结肠镜主要是检查结肠的，直肠镜是仅限于直肠端。前者距离长、后者距离很短。
目前结肠和直肠镜检查之前的肠道准备方法主要是服用泻药，在2-3小时内服用完毕，需要达到清水样便的效果。对于不能耐受口服大量液体或者存在肠梗阻症状的人群，还可以考虑通过生理盐水灌肠来进行肠道准备，但是效果较差。
直肠镜检查可以分为有痛以及无痛，无痛是在静脉麻醉操作下进行检查，有痛肠镜在进行检查之前的前一天，应该叮嘱病人流质饮食，检查前的早晨口服硫酸镁以及甘露醇等量的盐水或者温水清洗肠道，排出清水样便之后可以进行检查。