高位单纯性肛瘘的治疗均需要进行手术治疗，但药物治疗是辅助手术治疗的必备方法。在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。合理饮食，均衡营养，防治便秘和腹泻，避免肠道菌群失调的发生，及时治疗肛隐窝炎和肛乳头炎，以避免发展成肛周脓肿和肛瘘。
高位单纯性肛瘘不严重，高位单纯性肛瘘是可以进行治疗的，但只能采取手术方式，吃药和坐浴也只能缓解病情，尽早接受治疗，否则有可能会发展成高位复杂性肛瘘，到时候更难治疗。手术后有可能会出现并发症，需要住院观察几天。
肛裂应去医院检查确诊，如果大便干燥的情况下，可以适当服用润肠通便的药物。同时口服药物，局部使用痔疮膏，一般是7–10天就可以治好。食宜清淡，食辛辣，煎炒，油炸，烈酒多食水果和纤维性食物，尤其是香蕉，蜂蜜类润肠通便食物。每天定时大便，便前便后坐浴熏蒸。
高位肛瘘是指肛提肌和肛门直肠环上的瘘及其分支。由于肛周区域的特殊解剖和生理环境，高位肛瘘往往导致反复感染、肿胀、疼痛和疤痕于肛周。根据影像学检查确诊高位肛瘘，首选手术治疗。
治疗起来难度相对较低，通过手术是可以治安好的，而且手术也不复杂。去正规医院就诊，先做检查，看看具体病情，可以选择合适的手术类型，治疗后半个月至一个月可以恢复，注意一定要做好清洁护理，以免复发。
低位单纯性肛瘘严重。到正规三甲以上医院肛肠科检查一下。可以做肛门指诊检查，肛镜检查等，明确诊断对症治疗。生活中注意调养，保持局部卫生，保持大便通畅，忌食辛辣等刺激性食物。