肛周脓肿的治疗方法主要是手术切开排脓，后形成肛瘘。等4个月后在做肛瘘手术。但有时低位脓肿也可以把两次手术合成一次做，这需要根据实际情况确定。肛瘘的手术主要分为切开和挂线术，轻的2到3周愈合，重的一两个月，有的需要二次手术。
肛周脓肿和肛瘘都属于肛门口常见的感染性疾病。是由于近期有腹泻病史反复发作，或者饮食不洁等多种原因导致肛窦感染，肛窦感染后会慢慢穿破肛周皮肤形成肛瘘。不管是肛周脓肿还是肛瘘，都需要积极进行手术治疗的。术后还要按时换药，避免形成伤口的假性闭合。
肛周脓肿手术后引起的肛瘘要手术处理治疗，如果不处理就算肛周脓肿恢复也会出现复发。如果肛瘘发作期合并感染，此时因身体其他因素不能手术，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽脓处理。注意清淡饮食，保持大便通畅，每次便后要保证肛周清洁。
肛周脓肿久拖不治很可能就会出现肛瘘，肛周脓肿在出现的时候会出现肛门疼痛，早期的表现是肛周脓肿肛门出现胀痛，而且还可能出现化脓的情况，并且患者在排便的时候疼痛会更加严重。
肛周脓肿做手术就是为了避免脓肿加重形成肛瘘，手术后如果恢复顺利，就不会形成肛瘘，若是术后反复复发，有可能会导致肛瘘。肛周脓肿术后，要注意按时换药消毒，避免皮肤伤口先愈合。
肛周脓肿破溃就属于肛瘘了，因为这使直肠与外界相通。这单纯服用消炎药作用不佳。应该尽早到正规的公立性医院肛肠科进行挂线手术治疗比较好。平时要多注意卫生，避免吃辛辣的食物。