如果病人肛周脓肿较深，在括约肌内括约肌以下，切开范围较大，病人术后恢复的时间最长可以达到1-3个月。如果病人术后出现肛瘘等并发症，病人需行多次手术治疗。如果病人发现有肛周脓肿，病人到当地的正规医院进行诊疗，避免发生更多的并发症。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周囊肿程度比较轻，可以通过注意休息坐浴，局部周围热敷，可以进行较快的缓解，如果肛周脓肿比较严重，需要进行手术治疗。肛周囊肿严重就切开引流。忌辛辣刺激忌酒，可消炎药物坐浴，按时休息，避免久蹲久坐，保持大便通畅。
治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
肛周脓肿疮和肛裂，肛窦炎，肛瘘在肛肠疾病是很常见的，这种问题有关，一旦肛周形成脓肿，单靠保守治疗效果不佳，建议还是要手术治疗，行脓肿切开引流，肛瘘在肛肠疾病是很常见的，这种问题挂线，坐浴，切口定期换药，不耽误噗乳。