如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。
不高。是沿着外口窦道而寻找到内口即感染源。内口位置多种多样，是位于齿状线相对应处，有时肛瘘处于急性期，内口不容易找到，术后有可能会出现复发。如果通过外口顺利找到内口，并且完整的切除内口、外口以及窦道组织，肛瘘手术复发的机率比较低。
肛瘘术后复发率高低受多种因素影响，其中最主要就是由肛瘘本身病情决定的。如果是低位单纯肛瘘，一般术后创面比较浅，恢复比较快，复发率比较低。如果是高位复杂肛瘘，一般术后创面比较深，恢复比较慢，复发率也比较高。
该病的复发几率是比较高的。肛瘘术后复发概率跟手术过程中是否清除干净内口以及肛瘘有直接关系，以及术后创面愈合情况，是否有假性愈合。治疗可以到正规医院肛肠外科就诊，做超声波，肛瘘造影检查，明确情况后行手术以及挂线治疗方法进行综合治疗。
肛瘘手术后一般复发可能性低，复杂性肛瘘术后复发可能性增高，注意饮食清淡规律避免便秘，忌辛辣刺激食物以及发物，注意肛门清洁卫生，术后应用消炎药物治疗避免感染，定期复查肛检。