高位复杂肛瘘复发的原因主要是由于治疗不及时，内口没有确切的愈合，或者是继发的残腔的形成，所以对于高位复杂肛瘘这种疾病应该早期进行治疗。因为肛瘘属于肛周的一种慢性感染，在手术当中应该详细的进行探查，确切的找到内口，在每次换药的时候也应该确切的清除内口表面的分泌物，避免形成残腔，并且要让深部组织逐渐的愈合，必要时还需要采取挂线疗法。
高位复杂性肛瘘的发病原因：约90%的肛瘘属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起；还可能有一些特异性原因的肛瘘；外在性的因素，比如痔疮，肛裂，跌伤，感染性病等；手术方面的因素。
约90%的肛瘘病人属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起。除了腺源性肛瘘外，还可能有一些特异性原因的肛瘘。比如结核病会引起肛周的结核性感染，导致结核性肛瘘的发生；炎症性肠病也可发生肛周的并发症，表现为肛瘘，肛裂等。一些外在性的因素，比如痔疮肛裂手术处理不当，引发肛周感染，导致肛瘘；跌伤，刀伤，枪伤，如果恰好在肛门直肠部位可能因继发感染引起肛瘘。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。